10. Informe diagnóstico
Autores: María Julia Montoro, Hospital Universitari Vall d´Hebron, Barcelona; Andrés Jerez, Hospital General Universitario Morales Meseguer, Murcia; Francesc Solé, Institut de Recerca contra la Leucèmia Josep Carreras, Badalona
Modelo de informe diagnóstico
A continuación, el grupo de trabajo detalla una propuesta de informe del estudio de mutaciones mediante panel de NGS.
En cursiva y en gris se indican aquellas partes del informe que deberían rellenarse en cada laboratorio según la metodología específica utilizada.
Metología
Se realiza un estudio de secuenciación masiva (Next Generation Sequencing, NGS) mediante el cual se analizan las regiones seleccionadas de un panel custom que incluye los …………………. genes (especificar número de genes) listados a continuación (ver Anexo para el detalle de las regiones incluidas), solo detallar la lista de genes incluida en el panel.
La librería se prepara a partir de …………………. ng de DNA (indicar la cantidad de ADN necesaria según la química utilizada) mediante un panel de amplicones/captura de la química …………………. (indicar la química utilizada). La secuenciación se lleva a cabo con lecturas …………………. en la plataforma …………………. (especificar la plataforma de Illumina o Thermo Fisher empleada). La cobertura media de secuenciación es de …………………. (especificar la cobertura media mínima a la que se secuencia).
El análisis de las variantes se lleva a cabo mediante un pipeline de análisis propio/el software …………………. (indicar). En cuanto al filtrado de variantes, se aplican filtros para eliminar del análisis las variantes intrónicas, las variantes sinónimas sin efecto en la proteína y las variantes con una frecuencia en la población >1%, consideradas cambios polimórficos (SNPs). Todas estas variantes se considera que no tienen relevancia clínica y no se presentan en este informe, pero pueden ser solicitadas por parte del paciente o del médico responsable en cualquier momento.
Se analizan las variantes con una profundidad >100x y un mínimo de 25 lecturas de la variante. Solo se reportan las variantes con una frecuencia alélica >2%, punto de corte empleado para poder establecer un diagnóstico de CHIP. Para establecer la categoría de las variantes se ha utilizado las Guías de Consenso Españolas de la Hematopoyesis Clonal de Potencial Indeterminado (ver Anexo).
Las bases de datos que se consultan para descartar los polimorfismos son 1000 Genomes Project, Exome Variant Server, GnomAD y dbSNP, y para la interpretación clínica de las variantes se utilizan las bases de datos: indicar aquellas que se han empleado en el análisis.
Resultados
No se han detectado variantes en el análisis realizado / Se han identificado variantes en los genes: ………………… (Tabla 1).
1. Detalle de los resultados obtenidos
Tabla 4. Descripción de los resultados e interpretación clínica
Consentimiento informado
Anexo
• Genes y regiones incluidas en el panel
En el panel se incluyen los siguientes genes y regiones (a continuación, incluir una donde se detallen los genes incluidos en el panel, así como las regiones estudiadas, ya sea toda la región codificante, solo algunos exones o hotspots concretos, y también si se analizan regiones flanqueantes).
• Categorización de las variantes
Especificar el sistema de categorización que se haya empleado para categorizar las variantes, ya sea el algoritmo de la AMP/ACMG o el algoritmo del GESMD.
• Limitaciones
No pueden ser identificadas mediante esta prueba:
– Hay regiones codificantes de los genes analizados que pueden no haberse cubierto al 100%.
– Esta tecnología no permite identificar translocaciones ni variaciones en el número de copias (CNV).
– No se incluyen variantes en el ADN no codificante, pseudogenes, regiones repetitivas, o alteraciones epigenéticas.
– Hay regiones del genoma cuyas características hace que no sea posible determinar con exactitud los cambios en la secuencia (ej. regiones homopoliméricas >8 nucleótidos).
– La presencia de variantes poco frecuentes en la secuencia de ADN podría impedir la obtención de un número suficiente de secuencias amplificadas, dificultando la obtención de un resultado fiable para esa región del genoma.
– Ninguna variante se considera por debajo de 10/25 lecturas (especificar el número de lecturas mínimo que se haya empleado como criterio mínimo para reportar una variante), por tanto, pueden existir variantes reales en la muestra que no se hayan comunicado por estar bajo el umbral de sensibilidad que se ha establecido.
Consideraciones: el estudio se ha realizado con ADN procedente de muestra sangre periférica, por lo que no se han realizado estudios específicos para descartar o confirmar alteraciones germinales potencialmente hereditarias. Si se sospecha una enfermedad hereditaria, su médico debe referirle a una consulta de consejo genético.
• Cláusula de exención de responsabilidad diagnóstica
Los servicios de asistencia al diagnóstico genético con secuenciación masiva de ADN están destinados exclusivamente a profesionales de la salud cualificados para su interpretación. Los resultados obtenidos mediante estos estudios y la información que se pueda derivar de los mismos no pueden ser considerados en ningún caso como sustitutivos del consejo diagnóstico o tratamiento médico de un profesional especializado, ni constituyen por sí mismos una consulta médica. Los resultados obtenidos mediante determinaciones analíticas basadas en secuenciación masiva de ADN han de ser interpretadas, junto con otros datos clínicos, dentro del contexto general de una consulta médica que ha de estar dirigida por profesionales especialistas en diagnóstico genético y/o clínico. El ……………………….. (nombre centro) no se hace responsable del uso que haga el contratante de sus servicios ni de los resultados obtenidos mediante sus análisis de estudios, así como tampoco de las eventuales consecuencias perjudiciales derivadas de este uso, haciendo expresa reserva de ejercer las acciones legales oportunas en el supuesto de un uso indebido de los citados estudios y análisis.
Los datos obtenidos en este estudio son confidenciales y se regulan según la ley de protección de datos de carácter personal (Ley Orgánica 15/1999, de 13 de diciembre, revisada el 6 de marzo de 2011).